Después de la Batalla de Celaya se abrió un paréntesis. Las tropas de Villa y Obregón reorganizaron sus fuerzas, muy pronto volverían a encontrarse para la batalla decisiva. Antes de que esto ocurriera un ataque imprevisto en los linderos de la hacienda Santa Ana del Conde estuvo a punto de cambiar la historia: una granada lanzada por villistas alcanzó a Obregón y sus más cercanos colaboradores. El general perdió el brazo. Erróneamente Obregón ha sido llamado el "manco de Celaya", confundiendo el lugar y la fecha en que fue herido.
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Por supuesto, el general Obregón reforzó su ejército con tropas de Jalisco, Michoacán, Veracruz y otros lugares, y los famosos "Batallones Rojos" de Orizaba, Puebla y la Ciudad de México, hasta sumar cerca de 30 000 hombres, con los que ocupó la Estación Trinidad, entre Silao y León, en torno a la cual formó un inmenso cuadro defensivo para resistir el ataque del grueso del mejor ejército -hasta entonces- de la Revolución, la División del Norte, en la que sería la batalla más grande y sangrienta de la historia de México.
Con los movimientos realizados por las infanterías de Obregón para ocupar las posiciones designadas, inició el 29 de Abril de 1915 la batalla de Trinidad y Santa Ana del Conde.
Entre el 29 de Abril y el 31 de Mayo hubo una serie de combates parciales en los que ambos ejércitos se movían con extremada cautela buscando que el enemigo se gastara y mostrara un punto débil sobre el cual golpear con decisión. Finalmente el 1 de Junio empezó a romperse el equilibrio, cuando Pancho Villa concibió una audaz maniobra envolvente con la que intentó forzar el fin de la batalla. El 2 de Junio el ejército de Obregón quedó rodeado por los villistas y aunque algunos generales, sobre todo Francisco Murguía, insistían en tomar la contraofensiva de inmediato, Obregón se negó, esperando para hacerlo a que el enemigo agotara su empuje y debilitara sus líneas.
El día 3 de Junio, Obregón, acompañado del General Manuel M. Diéguez y de los oficiales de su Estado Mayor (Francisco Serrano, Aarón Sáenz, Jesús M. Garza y otros), visitó las posiciones de Murguía, fortificado frente al enemigo en la hacienda de Santa Ana del Conde. En el campanario de la hacienda, el general Obregón explicó al bravo e impaciente Murguía el plan de contraataque que empezaría al día siguiente consistente en una ofensiva emprendida por rumbos opuestos, combinada con un ataque a la retaguardia villista efectuado por las tropas que Fortunato Maycottte y Joaquín Amaro tenían en Irapuato.
Una vez ajustado el plan para la acción del día siguiente ( que los hechos inmediatos obligaron posponer para el día 5), Obregón, con los oficiales de su Estado Mayor, avanzó hacia la línea del frente.